O programa MATH-Amsud é levado adiante por um Comitê de Direção, conformado por representantes dos países partícipes, e um Comitê Científico, conformado por cientistas reconhecidos de cada um dos países.

O Comitê Científico é responsável pela avaliação técnica dos projetos apresentados em cada uma das convocatórias. Para isso, conta com relatórios de expertos internacionais contatados para tal fim. A partir desta avaliação, este comitê entrega a hierarquização científica dos projetos ao Comitê de Direção, que tem o cometimento de decidir a aprovação final dos projetos.