Le programme MATH-AmSud s’appuie sur un Comité de Pilotage, composé de représentants des pays participants, ainsi que sur un Comité Scientifique, conformé de scientifiques nommés par chaque institution participante.

Le Comité Scientifique est en charge de l’évaluation technique des projets candidats aux différents appels à propositions. Il se base pour ce faire sur les avis de deux experts internationaux. Le Comité de Pilotage, quant à lui, a pour tâche de sélectionner les projets en fonction de l’évaluation des experts internationaux, des recommandations du Comité Scientifique et des disponibilités budgétaires.