El programa MATH-Amsud es llevado adelante por un Comité Directivo, integrado por representantes de los países participantes, y un Comité Científico, conformado por científicos reconocidos de cada uno de los países.

El Comité Científico tiene encomendada la evaluación técnica de los proyectos que se presentan en cada una de las convocatorias, para lo cual se nutre de informes de expertos internacionales contactados para tal fin. A partir de esta evaluación, este comité entrega la jerarquización científica de los proyectos al Comité Directivo, quien tiene el cometido de decidir la aprobación final de los proyectos.